Sur le plan national, le Fafsea est piloté par les représentants des employeurs et des salariés réunis au sein d'un Conseil d'administration paritaire et d'un Bureau. Décentralisées, les politiques de formation et les ressources financières mutualisées sont gérées localement par 25 Commissions paritaires régionales (CPR).

Parallèlement, la réalité des besoins de chaque branche professionnelle est prise en compte dans les sections professionnelles administrées par des Commissions paritaires nationales.

Au total, le Fafsea regroupe un millier de partenaires sociaux dont l'ambition est de concilier la performance des entreprises et le développement de l'emploi qualifié.